El equilibrio natural del humedal del Parque Nacional de las Tablas de Daimiel es extremadamente frágil. Su biodiversidad única, compuesta por un gran número de especies de flora y fauna que dependen unas de otras para subsistir, se ve amenazada por el uso excesivo de los recursos hídricos de la zona. Por ejemplo, en tiempos de sequía, los juncos reducen rápidamente su número, lo que afecta a su vez a la fauna del parque. Debido a esta degradación, el 22 de octubre de 2009 la Comisión Europea abrió un expediente a España

Además de poner en peligro el equilibrio medioambiental del parque, el agua contaminada ha añadido más fertilizantes, tóxicos y materia orgánica al terreno. Esto supone un grave peligro para las especies exclusivas de Las Tablas de Daimiel, que dependen del agua limpia del Acuífero 23.